Основной задачей Центра является предоставление бесплатной высокоспециализированной медицинской помощи детскому населению Украины, пораженному ВИЧ-инфекцией/СПИДом, консультативной и организационно-методической помощи медицинскому персоналу региональных лечебно-профилактических учреждений, профилактика вертикальной трансмиссии, реабилитации больных детей и т. п. Кроме этого, на базе клиники проводится повышение квалификации врачей-инфекционистов по вопросам ВИЧ/СПИД, организуются научно-практические конференции, тематические семинары, стажировки, а также предоставляется социально-правовая, консультационная и информационная помощь родителям больных детей. Центр активно сотрудничает с Украинским центром профилактики и борьбы со СПИДом, международными медицинскими и общественными организациями и фондами. На сегодняшний день (2009 г.) в составе Центра функционируют амбулаторное, стационарное отделения. Работа Центра в структуре «Охматдета» дает возможность предоставлять ВИЧ-инфицированным и больным СПИДом детям специализированную медицинскую помощь по всем педиатрическим специальностям.